Kościół i klasztor wzniesiono dla zakonu bernardynów z fundacji mieszczan w latach 1473–1495. Przebudowa, wykonana według projektu muratorów Rudolfa Negroniego i Jakuba Balina w 1. połowie XVII wieku, wywarła decydujący wpływ na kształtowanie się renesansu lubelskiego. Świątynia stała się wzorcem powielanym w kolejnych realizacjach na terenie miasta i regionu.

Sklepienie kościoła pokryto sztukateriami – dekoracją plastyczną w postaci listew i figur geometrycznych uzupełnianych dodatkowymi motywami w formie rozetek, serc i gwiazd. Po wschodniej stronie świątyni zachował się charakterystyczny szczyt pokryty ornamentem okuciowym, pochodzącym ze sztuki niderlandzkiej. Wewnątrz znajduje się renesansowy nagrobek Andrzeja Osmólskiego (pocz. XVII w.) oraz epitafium Wojciecha Oczki (koniec XVI w.) – nadwornego lekarza królów polski. Przechowywane są tu relikwie św. Walentego oraz św. Antoniego – patrona Lublina.

W 1569 roku po podpisaniu aktu unii polsko-litewskiej w kościele odbyło się uroczyste nabożeństwo dziękczynne.