Bereits im 14. Jahrhundert standen an der Stelle der heutigen Kirche Holzbauten in Form der St.-Johannes-Kapelle und eines Krankenhauses. Das Gebiet befand sich dabei außerhalb der mittelalterlichen Stadtmauer. Beide Gebäude brannten 1419 ab. Die nächste im gotischen Stil erbaute Kirche war bereits gemauert. Das neu aus Holz errichtete Krankenhaus diente als Heim für arme und gebrechliche Einwohner Lublins.

Nach den Bränden in den Jahren 1575 und 1602 wurde die Kirche im Stil der Lubliner Renaissance wiederaufgebaut. Das gotische Schiff erhielt ein neues Presbyterium. Die Arbeiten wurden 1610 beendet. In der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts entstanden außerdem zwei Kapellen. Nach einem weiteren Brand zu Beginn des 18. Jahrhunderts wurde das Schiff erhöht und zur Westfassade eine Kirchenvorhalle und ein Glockenturm hinzugebaut.

Das Innere der Kirche ist barock ausgestattet, hier und da finden sich aber auch Stuckverzierungen aus der Renaissance. Im Hauptalter befindet sich ein Gemälde, das die Muttergottes mit einem Kind zeigt, das 1642 blutige Tränen geweint haben soll. Nach diesem Ereignis wurde die Kirche zum Ziel zahlreicher Wallfahrten.

Zusammen mit der Kirche wurde zu Beginn des 17. Jahrhunderts auch das Heilig-Geist-Krankenhaus erbaut. Zum Gebäudekomplex gehörte auch ein Verbindungsstück, das über die Straße führte und Swiętoduska-Tor genannt wurde. Das Krankenhaus verfiel in eine Ruine und wurde in der Mitte des 19. Jahrhunderts abgetragen.