Церковь построили в 1786 г. православные греческие купцы, образовавшие небольшую колонию среди жителей Люблина. Ее возникновение было необходимым, после того как в XVII в. православный храм на ул. Руска был передан греко-католической церкви. Люблинский православный приход подчинялся в те времена патриархату в Константинополе. Небольшой общине было не по силам содержать здание, которое все больше подвергалось уничтожению. К концу XIX w. его приняла Русская православная церковь, подчиняющаяся православной главе в Москве. 

В  1922 г. церковь стала собственностью католиков, что привело к солидной  перестройке интерьера и удалению иконостаса. Объект заново был освящен и ему придали имя св. Иосафата. После Второй мировой войны часть пристроек была предназначена для штаб-квартиры благотворительной организации „Caritas”. В настоящее время здесь работает Товарищество им. Брата Альберта.

Интерьер костела зального типа, перекрытый сводом и лишенный хора (исключение среди сакральных зданий в Люблине).  Оснащение храма современное.